Attraverso le sue attività irragionevoli, l’uomo ha creato uno squilibrio nel mondo dei virus. Se prima potevano coesistere con gli umani, da quando ha imparato a combatterli, i virus hanno iniziato a mutare e cambiare. Diventare più forti e questo processo non si ferma. Con questo approccio è possibile contrarre un virus che nessun vaccino può assorbire. Ma c'è un'altra via d'uscita: condurre uno stile di vita sano, rafforzare il sistema immunitario in modo che i virus buoni possano affrontare quelli cattivi. Nel gioco Run Healthy 2 aiuterai l'eroina a superare i livelli, diventando più sana. Per fare questo, raccogli mele, manubri, attraversa il cancello verde e al traguardo devi prendere un enorme martello e colpire Run Healthy 2.