Ad ogni livello appariranno davanti a te un paio di eroi di livelli completamente diversi. Potrebbero essere ragazzi o ragazze normali, supereroi e così via. All'avvio di Persona Runner vedrai un partecipante dal quale dovrai creare ciò che ti è stato mostrato prima della corsa. L'eroe deve raccogliere qualcosa che aumenti il colore rosso o blu sulla scala. Per prima cosa decidi quale colore dovrebbe predominare e raccogli solo ciò che lo fa crescere. Se il suo livello al traguardo è più della metà della scala sopra la testa dell'eroe, completerai il livello. E l'umile corridore si trasformerà in un brillante eroe in Persona Runner.
