Il ninja ha studiato a lungo e finalmente è giunto il momento di utilizzare le sue conoscenze e abilità in Dark Ninja Hanjo. Il Sensei informò il suo studente che era pronto per iniziare una vita indipendente, ma allo stesso tempo all'ex studente fu chiesto di svolgere una missione molto importante per restaurare la città. La missione mostrerà quanto è preparato l'eroe. La città è consumata dall'oscurità; per liberarla dovrai combattere demoni o guerrieri posseduti. Il ninja sarà in grado di mostrare di cosa è capace. Ricevi istruzioni dall'insegnante; nella fase iniziale accompagnerà il suo studente, ma poi dovrai agire da solo in Dark Ninja Hanjo.