L'eroe pixel in miniatura porta Micro Metroid in un viaggio attraverso un mondo di micropiattaforma in stile Metrovania. Aiutalo a passare attraverso le aree pericolose sulle piattaforme e diventeranno solo più numerose. Fai attenzione agli ingranaggi e scegli i luoghi in cui puoi saltare sulla piattaforma e andare avanti. Ci saranno delle bandiere lungo il percorso: questi sono punti di controllo che ti forniranno un luogo in cui l'eroe tornerà se sale su punte o cade da una piattaforma in Micro Metroid.