La migrazione degli uccelli è la migrazione annuale degli uccelli verso regioni più calde. Una volta arrivato l'autunno, molte specie di uccelli si dirigono verso sud per sopravvivere al freddo inverno. Le anatre sono una di queste e nel gioco aiuterai un'anatra a superare un volo difficile. Ma prima devi scegliere un personaggio tra gli eroi presentati nel gioco: Pam, Mac, zio Dan, Gwen e Dax. Ognuno di loro obbedirà al tuo controllo. La trama di Migration Flappy Duck è che il tuo uccello è rimasto indietro rispetto allo stormo. Quando tutti i suoi parenti volarono via, la sua ala fu danneggiata, ma ora è guarita e potete provare a raggiungere lo stormo e volare insieme. Ma prima dovrai superare molti ostacoli e sbattere le ali vigorosamente senza sosta in Migration Flappy Duck.
